A pálinkavédjegy rendszer lényege, hogy a matricával ellátott palackokban - laboratóriumi és érzékszervi vizsgálatok nyomán - garantáltan olyan ital található, amely megfelel az előírt minőségi követelményeknek. Ez a gyakorlatban azt jelenti, hogy a matricás pálinkák a rangos versenyeken ezüst- vagy aranyérmés minősítést kapnának. 2012 ősze óta tizennégy gyártó hatvankét pálinkája kapott jogosultságot a védjegyhasználatra.

A rendszer két alappillére a laboratóriumi és az érzékszervi vizsgálat. A laboratóriumi vizsgálatoknál többek között az alkohol-, a metanol- és a hidrogén-cianid-tartalmat mérik, de a csonthéjas gyümölcsből származó pálinkáknál az élelmiszerbiztonság érdekében az etil-karbamátot is figyelhetik. Érzékszervi bírálatkor a Pálinka Nemzeti Tanács nyilvántartásában szereplő szakértők minősítik a pálinkákat. Emellett a védjegyet elnyert pálinkák 20 százalékát évente újra ellenőrzik. 

A matricával ellátott pálinkák a www.palinkavedjegy.hu honlapon nyomon követhetők. A védjegymatricán található sorszám alapján megtalálhatók a pálinkák és a főzdék főbb jellemzői, illetve a gyártási eljárások is.