Bár a kukorica hagyományosan nem tartozik a növényvédelmi szempontból legproblémásabb kultúrák közé, az aszályos időszakokban legyengült állományok jóval kitettebbek a károsítóknak. Gombaölő szeres kezelésekre általában csak erős fertőzési nyomás esetén kerül sor, pedig a fuzárium-, az aszpergillusz- és a penicilliumfajok egyre több gondot okoznak. Mivel az általuk termelt mikotoxinok az egészségre rendkívül ártalmasak, a szennyezett termény sem élelmezési, sem takarmányozási célra nem használható fel. A fuzáriumos csőpenész fehér vagy rózsaszínes, az aszpergillusz sárgászöld, míg a penicillium kékeszöld penészgyepet képez a növényen.

Súlyos hiba aratás után: nagy árat fizethet az a gazda, aki ebbe beleesik

A gabona betakarítása utáni tápanyagutánpótlás egyik legfontosabb feladata a szármaradványok megfelelő kezelése.

Bár az utóbbi kettő korábban inkább a helytelen tárolás során jelent meg, a felmelegedés és a növényeket érő fizikai sérülések miatt ma már egyre gyakrabban fertőznek közvetlenül a szántóföldön is. A toxintartalom érdemi mérsékléséhez egyetlen módszer önmagában nem elegendő, a megelőzéshez a termesztési és a tárolási technológiák szigorú összehangolására van szükség.

A gombafertőzések terjedését jelentősen elősegítik a rovarkártevők, amelyek rágásukkal utat nyitnak a kórokozóknak. A három legjelentősebb faj a kukoricamoly, az amerikai kukoricabogár és a gyapottok-bagolylepke. Lárváik a cső károsításával nemcsak mennyiségi veszteséget okoznak, hanem a mikotoxin-szennyezés kockázatát is drasztikusan növelik. A kukoricabogár imágói a bibék és a levelek megrágásával hiányos termékenyülést, azaz foghíjas csöveket eredményeznek, míg a kukoricamoly lárvája a szár belsejét rágva a növény kidőlését is okozhatja. Jelenlétüket a száron és a csöveken látható jellegzetes rágcsálék és ürülék alapján lehet korán felismerni.

A kártevők elleni védekezést minden esetben a helyi előrejelzésekre érdemes alapozni. Az agrotechnikai módszerek közül a vetésváltás a leghatékonyabb megoldás, de kiemelten fontos a nagyobb gyökértömegű hibridek és a csávázott vetőmagok használata, valamint a jogszabály által is előírt tarlóápolás. Mindhárom rovar esetében a lárvák kelésekor a legcélszerűbb elvégezni a rovarölő szeres permetezést. A vegyszeres védekezéshez többféle hatóanyag, például acetamiprid, deltametrin, klórantraniliprol vagy lambda-cihalotrin áll rendelkezésre, emellett olyan biológiai megoldások is léteznek, mint a hasznos fonálférgek, a Bacillus thuringiensis baktérium, vagy a Trichogramma-fajok alkalmazása.

A beavatkozások megkezdése előtt feltétlenül ellenőrizni kell a készítmények érvényes engedélyokiratát a hatóság honlapján, a növényvédelmi munkafolyamatokba pedig javasolt bevonni a Magyar Növényvédő Mérnöki és Növényorvosi Kamara szakembereit.