A kórokozók többnyire gazdaságilag meghatározó kárt ritkán okoznak, de a szemekben mennyiségi- és minőségi kár bekövetkezhet. Az utóbbi években a mikotoxin szennyezés jelent egyre nagyobb problémát. Többnyire csak magas kórokozónyomáskor jellemző a kukorica fungicides állománykezelése, a védekezésben az ellenálló hibridek és az agrotechnikai elemek - például a vetésforgó és a megfelelő tápanyagutánpótlás - szerepe meghatározóbb. A golyvásüszög (Ustilago maydis) szinte minden évben megfigyelhető, jelentős kárt többnyire csak csemege- és vetőmagtermesztésben okozhat. Leggyakrabban a csövön alakulnak ki a golyvák, de a száron és a levélen is megjelenhetnek.

Sokkal nagyobb problémát jelent a fuzáriumos csőpenész, melyet számos Fusarium faj (például a F. graminearum, F. culmorum, F. semitectum, F. acuminatum és a F. temperatum) okozhat. A fertőzött szemeken fehér vagy rózsaszínes penészgyep alakul ki. Ugyan a gombák szerepet játszanak a csíranövény pusztulásában, ami csávázással jelentősen minimalizálható, a legnagyobb kárt a másodlagos anyagcseretermékek, az úgynevezett mikotoxinok (például deoxinivalenol, zearalenon) okozzák. A szennyezett szemek sem élelmiszeri, sem takarmányozási célra nem használható fel az egészségre gyakorolt káros hatásuk miatt. A Fusarium mellett az Aspergillus és Penicillium fajok által okozott mikotoxin szennyezés is egyre több problémát jelent. Az aszpergilluszos csőpenész (mint például az Aspergillus flavus) sárgászöld penészgyepet okoz a fertőzött csöveken, amik főként a tárolás során alakulnak ki, de a melegedő klimatikus tényezők a szántóföldön is egyre gyakoribb fertőzést tesznek lehetővé. A penicilliumos csőpenész kékes-zöld penészgyepe is főként a helytelen tárolás során alakul ki, de sérüléseken keresztül a szántóföldön is fertőzhetnek a kórokozók. Önmagában egy növényvédelmi kezelés vagy egy termesztéstechnológiai elem helyes alkalmazása nem elegendő a toxintartalom mérsékléséhez, ezek együttesen alkalmazásával előzhető meg a kórokozók fertőzése.