A tárgyalásokon az USA emellett problémásnak nevezte a génmódosított mezőgazdasági termékek (GMO) importjára vonatkozó szabályozásokat, valamint a marhahús jerky és kolbászok korhatártól független behozatali tilalmát is.

Az amerikai mezőgazdasági import deregulációjára vonatkozó hivatalos követelés növeli a május 4-én hivatalba lépett új dél-koreai kormány terheit. Korábban a Lee Myung Bak kormánya a Korea-USA szabadkereskedelmi megállapodás (FTA) tárgyalásai során, a kergemarhakór következményeire tekintettel egyezett bele abban, hogy csak 30 hónaposnál fiatalabb marhahúst importál.

A génmódosított mezőgazdasági termékek importszabályozásának enyhítése szintén konfliktusokat okozhat a hazai érdekelt felek között.

A dél-koreai kormány jelenleg is szigorú importengedélyezési eljárásokat folytat az élelmiszeripari és egészségügyi GMO-k esetében, és megerősítette a karantén-jelentési kötelezettségeket a nem engedélyezett génmódosított szervezetek behozatalának és forgalmazásának megakadályozására.

Nemzetbiztonsági aggályok merültek fel az amerikai precíziós térképek exportjával kapcsolatban is, mivel az amerikai érdekelt felek kéréseinek elfogadása esetén rendkívül pontos, 5000:1 arányú űrinformációk kerülhetnének külföldre.

Az érzékeny kérdések tárgyalóasztalra kerülése miatt egyre többen sürgetik, hogy minimalizálják az új kormány hivatalba lépése utáni tárgyalási űrt az Egyesült Államokkal. Ahn Deok-geun kereskedelmi, ipari és energiaügyi miniszter, aki a Korea-USA kereskedelmi tárgyalásokat vezeti, nemrég tájékoztatta a Nemzetgyűlés Kereskedelmi, Ipari és Energiaügyi Bizottságának mindkét pártból származó képviselőit a vámtárgyalások alakulásáról, és javasolta, hogy az új kormány gyorsan nevezze ki a magas rangú tisztviselőket az USA-val folytatott tárgyalások felügyeletére.

Ahn konkrétan azt javasolta, hogy először miniszterhelyettesi szintű kereskedelmi tárgyalót nevezzenek ki az USA-val folytatott tárgyalások felügyeletére, mivel egy új miniszter kinevezése az elnöki jelöléstől a parlamenti meghallgatás jóváhagyásáig akár hónapokig is eltarthat.