A program átfogó célkitűzései öt fő területre koncentrálnak. Az első és legfontosabb az élőhely-rekonstrukció, amely a projektek kétharmadát teszi ki. A vizes élőhelyek helyreállítása ezen belül is a kétharmada, mivel ezek Magyarország legértékesebb, legfajgazdagabb és leginkább sérülékeny területei közé tartoznak. A második terület a kezelési infrastruktúra fejlesztése, amely magában foglalja az őshonos állatok génmegőrzését és a védett területek természetvédelmi kezelését. Jelenleg több mint 13 ezer őshonos haszonállat (szürkemarha, bivaly, őstulok, magyar tarka, kárpáti borzderes, cikta, racka, cigálya) segíti a védett gyepek fenntartását, miközben korszerűsítik az állattartó telepeket, itatókat és utakat.

A harmadik prioritás a bemutatási tevékenység erősítése, amelynek célja az ökoturizmus fejlesztése. A nemzeti parkok évente több mint 1,6 millió látogatót fogadnak, és az országban található 700 turisztikai létesítmény fele közvetlenül nemzeti parkok üzemeltetésében áll. Tanösvények, látogatóközpontok és túraútvonalak építésével tovább növelik a Balaton-felvidék vonzerejét is.

A negyedik terület az élettelen természeti értékek védelme, több mint 4000 barlangot tart nyilván a magyar barlangnyilvántartás, valamint három UNESCO geoparkkal is büszkélkedik hazánk, ex-lege védelmet élvez. Az ötödik terület a természetvédelmi őrzés feltételeinek biztosítása. A nemzeti parkos természetvédelmi őrszolgálat 250 főből áll, az őrszolgálati irodák, gépparkok fejlesztése, eszközök beszerzése fog megvalósulni a projektek keretében. A Balaton-felvidéki Nemzeti Park Igazgatóság területén 5 projekt indul 2,6 milliárd forint értékben. Ezen belül a Sásdi-rét vizes élőhely rekonstrukciója során 160 millió forintból fog megvalósulni a terület megfelelő vízháztartásának megvalósítása. Ez különösen fontos olyan fokozottan védett fajok megóvása érdekében, mint a jégkorszakból fennmaradt lisztes kankalin, amelynek egyik legfontosabb élőhelye itt található.