A tartós csapadékhiány miatt a tó vízmérlege hosszú ideje negatív, mivel a párolgás mértéke meghaladja a csapadékból érkező vízmennyiséget. Emiatt a vízszint drasztikusan, a minimálisan elvárt 140 centiméter alá esett, ami megközelítőleg 75 centiméteres hiányt jelent. Az alacsony vízállás nemcsak a fürdőzőket, a sportolókat és a turizmusból élő helyi vállalkozásokat hozza nehéz helyzetbe, hanem az élővilágot is súlyosan károsítja. A nádasok állapota romlik, a szárazra kerülő meder cserjésedik, miközben a fészkelő madarak és az ívó halak élettere folyamatosan szűkül. Emellett a sekély víz gyorsabban felmelegszik, ami elősegíti az algásodást, és hozzájárulhat a halpusztuláshoz.
Bár a tó történetében korábban is előfordultak rendkívül alacsony vízállások – a korabeli krónikák szerint évszázadokkal ezelőtt teljesen ki is száradt –, az elmúlt évtizedben egyre gyakoribbá váltak a kritikus időszakok. Legutóbb 2016-ban tudtak vizet leereszteni a tóból, azóta szinte folyamatos a vízhiány. Hasonló válságra az 1990-es évek elején is volt már példa, ekkor a rákhegyi karsztvízbázis megcsapolásával és a víz átvezetésével sikerült növelni a vízszintet. Mára azonban ez a megoldás a megnövekedett lakossági ivóvízigények és a lecsökkent vízhozam miatt lényegesen nehezebben lenne kivitelezhető.
A jelenlegi helyzetben a mesterséges vízpótlás elkerülhetetlen, de a szakembereknek szigorú alapelveket kell követniük, így kizárólag fenntartható, megújuló vízkészleteket szabad felhasználniuk, és a beavatkozás nem veszélyeztetheti a térség ivóvízellátását sem.
Az elsődleges megoldást a saját vízgyűjtő területén lévő, felújításra szoruló Zámolyi- és Pátkai-víztározók hatékonyabb üzemeltetése jelenti. Ezek korszerűsítése, a kotrás, azaz a lerakódott iszap eltávolítása, valamint a vízminőséget rontó halászati és horgászati tevékenységek szigorú korlátozása elengedhetetlen ahhoz, hogy a csapadékosabb időszakokban összegyűlt vizet biztonságosan a tóba lehessen vezetni.
Ha a helyi vízvisszatartás nem bizonyul elegendőnek, külső forrásokat kell bevonni, ám ezek mindegyike komoly aggályokat vet fel. A környékbeli települések tisztított szennyvizének újrahasznosítása rendkívül alapos tisztítási technológiát és szigorú ellenőrzést követelne meg, ráadásul a várható lakossági ellenállással is számolni kellene. A mélyfúrású kutakból vagy a környékbeli távlati vízbázisokból származó karsztvíz felhasználása jogi akadályokba ütközik, mivel ezek a készletek elsősorban a lakossági ivóvízellátást szolgálják, és a térség vízkészleteire a Balatonnak is szüksége lehet.
Mennyiségi szempontból a legbiztosabb forrást a Duna jelentené, ahonnan parti szűrésű kutakkal vagy közvetlen felszíni vízkivétellel lehetne pótolni a hiányt. Ez a megoldás azonban egy teljesen új, több tíz kilométeres távvezeték-hálózat és átemelőtelepek kiépítését igényelné, ami hatalmas beruházási és üzemeltetési költségekkel járna. Ráadásul a folyó vizét előzetesen kezelni kellene, hogy elkerüljék az idegen, invazív fajok és a szennyező anyagok bekerülését a Velencei-tó érzékeny ökoszisztémájába.
Bár az emberi beavatkozás, mint a kotrások, a partfal-rekonstrukciók és a mesterséges vízszintszabályozás, már a múlt század hatvanas éveiben jelentősen átalakította a Velencei-tó természetes arculatát, a jelenlegi kritikus állapotot egyértelműen a csapadékhiány idézte elő. A tó megmentéséhez elengedhetetlen a vízpótlás, ám a legmegfelelőbb módszer kiválasztásához átfogó ökológiai és klimatikus vizsgálatokra, valamint maximális szakmai körültekintésre van szükség.
