Kimutatja a génszennyezést a magyar kutatók által fejlesztett szoftver

Kimutatja a génszennyezést a magyar kutatók által fejlesztett szoftver

MTI
Szennyezett genomadatok tisztítására alkalmas szoftvert fejlesztettek a Szegedi Biológiai Kutatóközpont (SZBK) munkatársai, eredményeikről a rangos Nature Communications folyóiratban számoltak be - közölte a HUN-REN Magyar Kutatási Hálózathoz tartozó intézmény honlapján.

Rangos Agrárdíjak az Agrárszektor 2025 konferencián!

Jelentkezzen vagy jelölje kollégáját, barátját, ismerősét a Portfolio Agrárdíjaira!

A decemberi Agrárszektor konferencián immár 11. alkalommal adjuk át 10 kategóriában rangos agrárdíjainkat, amelyekre az ágazat bármely kiemelkedő szakmai munkát végző szereplője pályázhat, illetve nevezhető.

Nevezzen Ön is szeptember 15-ig!

A nagy áteresztőképességű szekvenálásban a közelmúltban elért technológiai fejlődés és a szekvenálási költségek zuhanása a genomszekvencia-adatbázisok soha nem látott mértékű növekedéséhez vezet. A közelmúltban számos nagyszabású szekvenálási kezdeményezés indult azzal a céllal, hogy a rovarok, gerincesek, gombák, növények vagy végső soron a Föld teljes eukarióta (valódi sejtmaggal rendelkező) biodiverzitásának genomját feltérképezzék.

A tartósított múzeumi vagy a metagenomikai - a természetes környezetből vett - mintákra támaszkodó projektek különösen érzékenyek a szennyeződésre. Ha nem fordítanak rá kellő figyelmet, a szennyezett referenciagenomok pontatlanul megjelölt szekvenciaadatokkal "mérgezik meg" a nyilvános adatbázisokat.

Gyorsabb, mint az eddigi megoldások

A nemzetközi együttműködéssel létrejött, Nagy László, az SZBK Biokémiai Intézet Szintetikus és Rendszerbiológiai Egységének csoportvezetője irányításával született publikáció az adatbázisokba tévesen feltöltött, idegen szekvenciákkal szennyezett genomadatok lehetséges következményeivel és a szennyezések kitisztításával foglalkozik.

Komoly szennyeződést mértek

A kutatók a 844 megvizsgált eukarióta genom több mint felében mutattak ki bizonyos mértékű szennyeződést, melyek döntő többsége baktériumokból származott. A szennyeződés néhány esetben akkora mértéket öltött, hogy a közzétett genomadatokból egy második élőlény közel teljes genomja rekonstruálható volt.

Az együttműködésben résztvevő kutatók remélik, hogy eredményeikkel sikerül felhívniuk a tudományos közösség figyelmét a genomi szennyeződések eltávolításának fontosságára, valamint hogy a kifejlesztett szekvenciatisztító-szoftver az általánosan elfogadott genomi elemzési munkafolyamatok részévé válhat.

Címlapkép forrása: Getty Images
CÍMLAPRÓL AJÁNLJUK
Támogatott tartalom

Majd a mázsa megmondja! (x)

KWS repcehibridek: piacvezető stabilitás, modern genetika és kiemelkedő terméseredmények 2025-ben is.

EZT OLVASTAD MÁR?