Az új csúcsszerv célja, hogy széles körű felhatalmazással óvja a tiszta vizet, a levegőt, a termőföldet és a hazai erdőket. Tevékenységével a biodiverzitás és a klíma védelmén keresztül végső soron az emberi egészség megőrzését szolgálja. Létrejöttével egy olyan hatékony jogorvoslati fórum is megalakul, amely a területi hatóságok vitatott döntéseit még a hosszadalmas bírósági eljárások előtt, gyorsan és megfelelő szakmai alapokon képes felülvizsgálni, illetve korrigálni.

A hatóság egyik legfontosabb újítása az akkumulátorgyártáshoz és a kapcsolódó hulladékkezeléshez fűződő feladatok központosítása. Az egyre bővülő iparág környezetvédelmi engedélyezése és ellenőrzése kizárólagosan az új szervezethez kerül, így az ország egész területén egységes, szigorú szakmai gyakorlat érvényesülhet. Ezt a munkát a főhatóság más állami szervekkel – többek között a katasztrófavédelemmel, a mérésügyi hatósággal és a fogyasztóvédelemmel – szoros együttműködésben végzi majd. A kiemelt ügyeken túl a szervezet felel a hulladékgazdálkodási, a természet- és tájvédelmi, az állatvédelmi, a géntechnológiai, az erdészeti, valamint a vízügyi feladatok komplex ellátásáért is. Területi szervein keresztül a környezethasználat ellenőrzése közvetlenül ott történik majd, ahol az ipari tevékenységek zajlanak, és ahol a lakosságot a környezeti hatások érik.

Az új intézményrendszer kiépítése két lépcsőben valósul meg, a főhatóság elnökét a miniszter már a következő hetekben kinevezi. Jövő év január elsején a központi hivatal és a budapesti szervezet kezdi meg működését, átvéve a szaktárcától, a Pest Vármegyei Kormányhivataltól, valamint a Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivataltól (Nébih) az érintett feladatköröket, továbbá a fővárosi és a vármegyei kormányhivataloktól az akkumulátoriparral kapcsolatos ügyeket. Fél évvel később, 2027. július elsején a kormányhivatalok környezetvédelmi, vízügyi és erdészeti egységei – a regionális laboratóriumokkal együtt – is beolvadnak a csúcsszervbe, amivel teljessé válik az országos zöldhatósági hálózat.