A nemzeti park igazgatóságok 300 ezer hektár országos jelentőségű védett természeti terület vagyonkezelői. Ebből a speciális kezelést igénylő 150 ezer hektár területet az igazgatóságok maguk fejlesztik és tartják fenn, az ennek érdekében kialakított infrastruktúra-hálózat mára több mint 30 állattartó telepet számlál és korszerű géppark kapcsolódik hozzá. A kezelési és génmegőrzési szempontból is kiemelkedően fontos őshonos állatállományok nagysága meghaladja a 14 ezres egyedszámot, amely 2010-hez viszonyítva 45% feletti növekedést jelent. A nemzeti park igazgatóságok számos nemzetközi fajmegőrzési projektben dolgoznak együtt más országok szakembereivel. A fajok megőrzése határokon átívelő együttműködéseket is igényel, a természetvédelem eredményei (a kék vércse, a parlagi sas, a túzok állományainak megerősítése) ezekhez a programokhoz kötődnek.

A vadon élő állatfajok hazai állományainak élőhelyükön történő megőrzése érdekében egy, az Agrárminisztérium által koordinált, európai uniós finanszírozású projekt keretében elkészült a madárfajokat veszélyeztető elektromos szabadvezetékek aktualizált országos térinformatikai adatbázisa. Ezen felül megtörtént 10 fajmegőrzési terv felülvizsgálata, illetve 11 faj vonatkozásában összesen 8 új fajmegőrzési terv összeállítása.

Az aktív védelmi intézkedéseknek köszönhetően az elmúlt néhány évben több mint 100 ezer hektáron javult az élőhelyek állapota. Bizakodásra ad okot, hogy a célzott természetvédelmi projektek hatására számos szűk elterjedésű veszélyeztetett faj esetében sikerült pozitív eredményt elérni és stabilizálni az állományukat. A hazai túzokállomány hozzávetőlegesen 10%-kal növekedett az elmúlt mintegy 15 évben, két sikeres pályázatnak köszönhetően pedig a parlagi sas állománya is megtöbbszöröződött. Az elmúlt évtizedekben 40 párról mintegy 200-250 párra nőtt a kerecsensólyom állomány, illetve a rákosi viperák számára szaporító központot hoztak létre, élőhelyeiket helyreállították és folyamatosan telepítik vissza az egyedeket.

Az Agrárminisztérium aktívan részt vesz és elkötelezett a veszélyeztetett fajok védelmében is. Ezek kereskedelmét 'A veszélyeztetett vadon élő állat- és növényfajok nemzetközi kereskedelméről szóló egyezmény' (CITES) szabályozza. A CITES mára már több mint 36 ezer állat- és növényfaj kereskedelmét rendezi keretek közé. Az Egyezmény és a vonatkozó európai uniós rendeletek hazai végrehajtásáért az Agrárminisztérium CITES igazgatási hatósága felelős.